Заснування Губинихи датують 1704 роком, коли на цій багатій по своєму положенню місцевості поселився абшитований заможний старий козак Оверко Губа (Губін, Губин) і скоро збудував тут свій зимівник з багатьма землянками та куренями. Після зруйнування Чортомлицької Січі в 1709 році, Губа перевіз у зимівник все своє майно і осів тут. Від прізвища козака очевидно і пішла назва селища.
Інтенсивне заселення Губинихи здійснювалось після зруйнування Нової Січі в 1775 році.
В 1776 році землі Вольностей Війська Запорозького було включено до складу Азовської губернії.
У 1784-1796 роках Губиниха перебувала у складі Новомосковського повіту Катеринославського намісництва, в 1796-1802 роках — Новоросійської губернії, в 1802-1917 — Катеринославської губернії Російської імперії.
Відомо, що наприкінці XVIII століття в селі налічувалось близько 900 жителів, село простягалось понад річкою на 2 км.
За переписом 1897 року кількість мешканців зросла до 4471 особи.
У 1902 році в Губинисі відкрито першу церковнопарафіяльну чотирикласну школу.
З 1917 — у складі УНР, потім — Української держави.
В кінці 1934 року було створено 5 колгоспів: «Червоний партизан», «Іскра», «15-річчя Червоної Армії», «Шевченко», «Ворошилов».
Після початку війни Губиниха перейшла під окупаційну владу 27 вересня 1941. За час окупації було розстріляно 946 осіб, у тому числі 10 сімей.
23 вересня 1943 року до села повернулися сталіністи.
На початку 1960-х років в Губинисі збудований цукровий завод та окремий житловий мікрорайон з 3-5-поверховими будинками поруч.
1964 року Губиниха стала селищем міського типу.
